Як і всі рослини, бонсай піддається атакам хвороб. Зазвичай цими хворобами є:
– іржа (з’являються пожовтіння і плями характерного кольору, які вражають кору і листя бонсай);
– коренева гниль ( характерні для цієї хвороби – зелений наліт на стовбурі і грунті, змінюється колір листя);
– біла коренева гниль (причина проблеми – паразитує грибок. Симптоми хвороби: опадання листя і загальне погіршення стану бонсай);
– вертицильоз (виникає через неправильну обрізку гілок і коренів. Вражає судинну систему, бонсай жовтіє, з часом в’яне і засихає);
– борошниста роса (перші ознаки – білий наліт на бонсай, може бути сірого кольору);
– пероноспороз (несправжня борошниста роса) (характерною ознакою є жовті плями з білим або сірим пушком під листком бонсай);
– хлороз (бонсай втрачає своє яскраве забарвлення через недостатню кількість хлорофілу).